Este film se inicia con una señal codificada pidiendo ayuda que recibe Sean Anderson. Hank, su padrastro, incapaz de detenerle en su búsqueda del origen de la señal, se une a Sean en una expedición que primero les llevará al Pacífico Sur y luego a un lugar que pocas personas han visto o han vivido para contarlo. Se trata de un sitio de increíble belleza, con extrañas y amenazadoras formas de vida, volcanes, montañas de oro y más de un secreto impactante. Junto con Gabato, el único piloto de helicópteros dispuesto a asumir el riesgo del viaje, y la hermosa y decidida hija de Gabato, Kailani, parten en busca de la isla. "Viaje al centro de la Tierra 2: La isla misteriosa" cuenta también con la presencia de Michael Caine en el papel del abuelo de Sean, Alexander, el viajero solitario al que han acudido a buscar, y con Kristin Davis como la madre de Sean, Liz.